Ibridazione genomica comparativa Array: metodo per individuare regioni genomiche associate al carcinoma orale a cellule squamose

| 25/03/2010 09:58

L’Ibridazione genomica comparativa Array (ACGH) fornisce una tecnica “ad ampio spettro genomico” per identificare aberrazioni cromosomiche nelle malattie umane, tra cui il cancro. Le aberrazioni cromosomiche nei tumori sono definite come le regioni che contengono un aumento o una diminuzione del numero di copie del DNA, rispetto ai campioni normali. L'individuazione di regioni genomiche associate ad aberrazioni sistematiche fornisce approfondimenti sull’inizio e la progressione del cancro, e migliora la diagnosi, la prognosi e le strategie di terapia. Il test McNemar può essere utilizzato per individuare i geni differentemente espressi dopo la discretizzazione delle espressioni di geni in un esperimento di microarray per il set di dati corrispondente. Uno studio condotto dall’ “Oral Cancer Research Institute”, in collaborazione al “College of Dentistry” nella Repubblica della Corea ha avuto lo scopo di proporre un nuovo metodo per individuare le regioni di DNA significativamente alterate, spostata di prova McNemar, che si basa sui test di McNemar standard e tiene conto delle modifiche in variazioni del numero di copie e la dimensione in tutta la regione del genoma.

Inoltre, questo nuovo metodo può essere utilizzato per individuare le regioni genomiche associate alla progressione del carcinoma orale a cellule squamose (OSCC). La performance del metodo proposto è stata valutata sulla base dell’omogeneità all'interno delle regioni selezionate e l’accurata classifica delle regioni selezionate.
Poiché questo metodo rileva intere regioni cromosomiche significative, non sonde indipendenti, potrebbe essere utile per l'identificazione di nuovi geni candidati sui quali i geni vicini conosciuti hanno basato l’intera variazione genomica.
 

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