La flora batterica intestinale gioca un ruolo molto importante nello sviluppo di allergie alimentari, la microflora intestinale soprattutto in tenera età  è essenziale nello sviluppo delle allergie poiché le barriere della mucosa e del sistema immunitario sono ancora immature. È stato osservato che i probiotici interagiscono con il sistema immunitario della mucosa seguendo lo stesso  pathway dei commensali batterici. I dati raccolti dallo studio hanno evidenziato che i batteri probiotici  inducono in vivo un aumento dei livelli plasmatici di IL-10 e il totale delle IgA nei bambini con predisposizioni allergiche. Tali dati sono anche supportati da numerosi studi clinici che mettono in evidenza i significativi benefici  dell’utilizzo  di probiotici nella prevenzione e  gestione delle allergie alimentari anche se  ci sono ancora molti pareri discordanti riguardo la loro efficacia.