La pandemia ha costretto a rallentare o sospendere i programmi vaccinali di massa, con il risultato che ora nei paesi poveri si stanno diffondendo epidemie di malattie molto contagiose. La difterite è apparsa in Pakistan, Bangladesh e Nepal, il colera in Sud Sudan, Camerun, Mozambico, Yemen e Bangladesh e un ceppo mutato del virus della polio è stato segnalato in oltre 30 paesi. A fare una panoramica della situazione è il New York Times.  "Il rischio ora è che un'epidemia in pochi paesi uccida più bambini del Covid-19", avverte Chibuzo Okonta, presidente di Medici Senza Frontiere in Africa Centrale. Tra le malattie che hanno ripreso a diffondersi c'è il morbillo, segnalato in Bangladesh, Brasile, Cambogia, Repubblica Centrafricana, Iraq, Kazakistan, Nepal, Nigeria e Uzbekistan. Su 29 paesi che hanno sospeso le campagne vaccinali per via della pandemia, 18 stanno registrando focolai epidemici.

In Pakistan e Afghanistan sono invece stati riportati 61 casi di poliovirus di tipo 1, e in Ciad, Ghana, Etiopia e Pakistan è comparso il poliovirus di tipo 2 mutato dal vaccino orale. Per questo l'Organizzazione mondiale della sanità (Oms) sta sollecitando i paesi a riprendere le vaccinazioni, ma sono parecchi gli ostacoli da superare. Le forniture sono difficili da reperire, gli operatori sanitari sono impegnati a tempo pieno contro il Covid-19 e una nuova ondata di incertezza sta tenenendo molti genitori lontani dagli ospedali. Alcuni paesi stanno però cercando di riprendere le vaccinazioni: in Uganda ad esempio si stanno dando motociclette agli operatori sanitari, mentre in Brasile le farmacie offrono vaccinazioni dalla macchina e l'Unicef ha noleggato un volo per consegnare vaccini in 7 stati africani. Secondo la Gavi (Alleanza internazionale per i vaccini), se la pandemia finisse entro 3 mesi, la comunità internazionale potrebbe rimettersi al passo con le vaccinazioni nel giro di un anno e mezzo, ma le previsioni attuali non confermano questo scenario.