Le vaccinazioni anti-influenzali e anti-Covid - queste ultime anche ai bambini - saranno eseguite anche nelle farmacie, da farmacisti abilitati, che abbiano superato l'apposito corso di formazione e gli aggiornamenti annuali organizzati dall'Istituto Superiore di Sanità. La prenotazione delle somministrazioni avverrà, da parte delle farmacie, secondo i programmi di individuazione della popolazione target definiti dalle Autorità sanitarie. 

E' quanto prevede il protocollo d'intesa siglato da Governo, Regioni, Federfarma e Assofarm. Secondo il documento le vaccinazioni possono essere effettuate in un'apposita area esterna vicina alla farmacia oppure interna, purché quest'ultima sia separata dagli spazi destinati all'accoglienza e dalle attività ordinarie, o anche a farmacia chiusa.

Sono inoltre esclusi dalla somministrazione i soggetti ad estrema vulnerabilità o con anamnesi positiva per pregressa reazione allergica o anafilattica. La vaccinazione viene eseguita dopo l'esibizione della tessera sanitaria e la compilazione del consenso informato al trattamento sanitario e valutazione sull'idoneità. Al termine della somministrazione, il soggetto resta in un'apposita area per i 15 minuti successivi, per assicurarsi che non si verifichino reazioni avverse immediate. In quest'ultimo caso il farmacista fornirebbe l'occorrente per il supporto di emergenza avvisando allertando il 118. La persona vaccinata riceve poi l'apposito attestato e la farmacia registra i dati di somministrazione in un'apposita piattaforma informatica per alimentare l'anagrafe vaccinale.

Per le farmacie che vorranno procedere alla somministrazione, il compenso per ogni singolo inoculo è di sei euro e sedici centesimi, ne faranno richiesta alla Asl territoriale.