Medici convenzionati: chiarimenti su fatturazione elettronica e obblighi certificativi

La questione affrontata dall’Agenzia Entrate riguarda l’obbligo di emissione della Certificazione Unica (CU) da parte delle Aziende Sanitarie Pubbliche (ASP) nei confronti di medici convenzionati con il Servizio Sanitario Nazionale (SSN) che aderiscono al regime forfetario.
Il dubbio nasce alla luce delle recenti semplificazioni normative introdotte dal D.Lgs. n. 1/2024 (cd. "decreto Adempimenti") che ha esonerato i sostituti d’imposta, a partire dal 2024, dalla trasmissione della CU per i soggetti forfetari.

Pertanto con Risposta a interpello n 132 del 13 maggio (clicca qui per scraicare il documento completo)  le Entrate hanno  chiarito che per i medici, convenzionati con il sistema sanitario nazionale e in regime forfettario, non vigendo l'obbligo di e-fatture, resta l'obbligo della certificazione unica.

L'azienda sanitaria che ha posto il quesito ha in essere numerose convenzioni con:

• medici di medicina generale,
• medici di continuità assistenziale con rapporto di lavoro a tempo determinato
• e pediatri di libera scelta

ai quali corrisponde compensi professionali inquadrabili, ai fini Irpef, tra i redditi di lavoro autonomo di cui all'articolo 53, comma 1, del Testo unico delle imposte sui redditi approvato con d.P.R. 22 dicembre 1986, n. 917 (Tuir).

1) Medici forfettari convenzionati SSN: resta obbligo della CU

Con l’introduzione delle semplificazioni fiscali previste dal D.Lgs. n. 1/2024, a partire dal periodo d’imposta 2024 è stato disposto l’esonero dall’invio della Certificazione Unica (CU) per i soggetti che corrispondono compensi a contribuenti in regime forfettario o di vantaggio. Lo riporta il sito Fisco e Tasse. L’obiettivo dichiarato è quello di ridurre gli adempimenti grazie alla generalizzazione della fatturazione elettronica, che permette all’Agenzia delle Entrate di acquisire in automatico i dati reddituali. Dal 1° gennaio 2024, anche i contribuenti forfettari sono tenuti alla fatturazione elettronica tramite Sistema di Interscambio (SdI). Proprio in virtù di questa novità, il nuovo comma 6-septies dell’art. 4 del d.P.R. n. 322/1998 ha eliminato per i committenti l’obbligo di:

• redigere la CU,
• inviarla all’Agenzia,
• consegnarla al contribuente.

I medici di medicina generale, i pediatri di libera scelta e i medici di continuità assistenziale che operano in convenzione con il Servizio Sanitario Nazionale non emettono fattura elettronica. Per loro continua a valere il foglio di liquidazione dei corrispettivi, documento che sostituisce la fattura in base all’art. 2 del D.M. 31 ottobre 1974.

Con la Risposta n. 132/2025, l’Agenzia delle Entrate ha fornito un chiarimento ufficiale sul tema. Una azienda sanitaria locale (ASP) ha chiesto all’Agenzia se sia legittimo non emettere la Certificazione Unica per i compensi erogati ai medici forfettari convenzionati. La domanda nasceva dalla nuova norma che esonera i committenti da tale obbligo, in quanto i dati dovrebbero risultare automaticamente disponibili tramite fatturazione elettronica. L’Agenzia ha ricordato che per i medici in convenzione con il SSN il foglio di liquidazione è un documento sostitutivo della fattura, valido ai fini fiscali e contabili. Questo documento, però, non transita nel Sistema di Interscambio (SdI) e non è accessibile in automatico dall’Agenzia delle Entrate. Di fatto, i redditi di questi medici non sono visibili telematicamente, rendendo necessario un altro strumento di tracciabilità.

Proprio perché non emettono fattura elettronica, i medici forfettari convenzionati non rientrano nel perimetro del comma 6-septies. Di conseguenza, l’obbligo di emissione della CU permane. L’Agenzia conferma la correttezza della prassi proposta dall’ASP, che ha continuato a inviare le CU anche nel 2025, includendo i compensi corrisposti ai medici in regime forfettario.

2) Medici forfettari convenzionati SSN: come compilare la CU 2025

Alla luce di quanto sopra affermato, gli enti che corrispondono compensi ai medici convenzionati in regime forfettario devono ancora compilare la CU, come segue:

• Punto 4: ammontare lordo corrisposto
• Punto 6: codice 25 (sostituisce il vecchio codice 24)
• Punto 7: importo non soggetto a ritenuta
• Punto 8: differenza tra lordo e importi non soggetti a ritenuta

Il codice 25 è utilizzato per identificare i icompensi in regime forfettario non assoggettati a ritenuta, in assenza di fattura elettronica, come nel caso dei medici SSN. Molti enti, convinti dell’esonero, non hanno inviato le CU entro il termine del 18 marzo 2025. Attenzione, avverte la redazione di Fisco e Tasse, nella risposta in oggetto, l’Agenzia, riconoscendo il clima di incertezza normativa, ha previsto che le strutture di controllo valuteranno la disapplicazione delle sanzioni, in base all’art. 10 dello Statuto del contribuente. In pratica, nessuna sanzione sarà automatica per l’invio tardivo o la rettifica delle CU già trasmesse, se motivate dall’errata interpretazione normativa. Il chiarimento fornito con l’interpello n. 132/2025 dell’Agenzia delle Entrate mette un punto fermo e evidenzia che occorre continuare ad emettere la CU nei confronti di questi soggetti; non si può considerare applicabile l’esonero previsto dal D.Lgs. 1/2024; occorre verificare l’invio tempestivo o rettificare quanto già trasmesso, senza temere sanzioni automatiche.