Il reale significato delle varianti Covid

Negli ultimi tre mesi l'attenzione globale si è rivolta alla scoperta e ai rischi per la salute di nuove varianti del virus SARS-CoV-2. Una nuova variante covid, B1525, è stata recentemente identificata nel Regno Unito. A dicembre, la scoperta di quella che è diventata popolarmente conosciuta come la variante Kent, o B.1.1.7, ha visto il virus diffondersi nel Regno Unito e dominare le infezioni a causa di un aumento della trasmissibilità. Questa è stata seguita dalla variante sudafricana B.1.351 che contiene una mutazione ora segnalata per ridurre l'efficacia del vaccino ChAdOx nella misura in cui il Sud Africa lo sta rimuovendo dal suo programma di vaccinazione.

Il mondo ora sembra ossessionato dalle varianti SARS-CoV-2 e designandole un luogo di origine. Questo è uno sfortunato stigma che dovrebbe essere evitato, dato che il luogo in cui un virus viene rilevato per la prima volta non è necessariamente quello in cui ha avuto origine. Per non dimenticare, l'influenza spagnola (la pandemia influenzale del 1918) non aveva alcun collegamento con la Spagna.

Il fascino delle varianti sta ora diventando contagioso come il virus e sta provocando reazioni simili a scatti di ginocchio. La scoperta della variante B.1.351 nel Regno Unito ha portato a un regime di test e sequenziamento mirato su larga scala nelle aree colpite nel tentativo di controllarne la diffusione. Ciò è dovuto a un comunicato stampa che affermava che il vaccino ChAdOx non proteggeva dai sintomi covid-19 lievi e moderati in un piccolo studio sudafricano di giovani adulti. Mentre la prudenza e l'azione rapida dovrebbero essere sempre consigliate in materia di covid, vale anche la pena ricordare che nessuno dei dati è pubblicato e quindi viene fatta una supposizione significativa sulla capacità del vaccino Oxford AstraZeneca di controllare i casi B.1.351. Le frontiere vengono ora chiuse nel tentativo di prevenire l'introduzione di nuove varianti di preoccupazione nel Regno Unito e in altri paesi,

Ciò che fa preoccupare le varianti non è da dove vengono, ma le mutazioni che contengono. Il virus B.1.1.7 è caratterizzato da una delezione nella proteina spike e da una mutazione in N501Y che ne aumenta la trasmissibilità, nonché da una mutazione potenzialmente importante nel sito di scissione della furina. Queste mutazioni si trovano sullo sfondo di un numero insolitamente alto di altre mutazioni, rendendo B.1.1.7 distinto. Nel caso di B.1.351, ciò che lo rende una minaccia per l'efficacia del vaccino è la mutazione E484K nella proteina spike, vista anche in P.1. È ingenuo, tuttavia, pensare che queste mutazioni preoccupanti siano limitate a lignaggi virali singolarmente definiti geograficamente.

Ciò che ha determinato l'emergere di queste mutazioni fenotipicamente importanti sono significative pressioni selettive. Nel caso di B.1.1.7, le mutazioni casuali che conferiscono un aumento della trasmissibilità hanno portato ad un aumento dell'idoneità del virus che è stato rapidamente selezionato ed è diventato dominante nel Regno Unito. Nel caso di B.1.351 può essere che la selezione sia per una mutazione casuale che consente una qualche forma di fuga potenziata dalla pressione immunitaria e dalla trasmissione successiva, generando un vantaggio di fitness, sebbene le prove rimangano deboli per questo. Il punto chiave qui è che queste pressioni di selezione non sono geograficamente specifiche. Il virus sta incontrando pressioni di selezione simili ovunque stia trasmettendo e ha una prevalenza relativamente alta, il che significa che la selezione per mutazioni casuali che possono conferire un vantaggio di fitness può avvenire ovunque e in qualsiasi momento.

L'evidenza di molteplici introduzioni di SARS-CoV-2 nel Regno Unito nel corso del 2020 è abbastanza convincente da portare a una politica di controllo delle frontiere molto più rigorosa. In effetti, questa è una misura che avrebbe dovuto essere già in vigore nel 2020. Tuttavia, la necessità di test in tempo quasi reale e sorveglianza genomica va ben oltre le introduzioni da viaggi o le aree mirate in cui è stato trovato B.1.351.

La velocità e il successo della politica sui vaccini del Regno Unito significano che nuove e forti pressioni selettive vengono imposte a SARS-CoV-2 in tutto il paese. È possibile, forse anche probabile, che ciò porti alla selezione di nuove mutazioni e all'emergere di nuove varianti all'interno di questo paese. Ciò di cui abbiamo bisogno ora è la capacità di abbinare la nostra capacità di test con una capacità di genottizzazione o sequenziamento rapida, con qualche forma di genotipizzazione applicata in tempo reale ai campioni positivi. Ciò consentirebbe il tipo di epidemiologia in tempo reale che si è verificata casualmente con B.1.1.7 a causa dell'effetto sull'amplificazione del gene target S del test di reazione a catena della polimerasi Thermo Fisher utilizzato in molti dei laboratori di prova del secondo pilastro. Più la genotipizzazione o il sequenziamento dell'intero genoma possono essere vicini al test, più rapidamente i dati possono essere utilizzati e gestiti.

fonte: BMJ