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Covid, dal tampone positivo all'analisi dettagliata del genoma: così s'identifica il virus

Infettivologia Redazione DottNet | 15/04/2022 19:18

Microbiologia dell'ospedale di Perugia sequenzia il virus

Tre-quattro giorni di lavoro per arrivare dal tampone positivo al Sars-CoV-2 all'analisi dettagliata del genoma, il sequenziamento che permette di individuare se si tratti del virus che provoca il Covid già conosciuto o di qualche variante, nota o completamente nuova. Una complessa attività che ora svolge in autonomia anche l'Azienda ospedaliera di Perugia grazie a un gruppo di lavoro attivo nel laboratorio di Microbiologia. Grazie anche a un sofisticato apparecchio sequenziatore presente al Centro di ricerca emato-oncologico.  "Il primo passo è la selezione dei tamponi positivi che meritano di essere sequenziati, ad esempio perché legati a un caso clinico molto grave" ha spiegato Antonella Mencacci, responsabile del laboratorio di Microbiologia e docente dell'Università degli Studi di Perugia.

"Dobbiamo quindi estrarre l'Rna - ha aggiunto - il genoma del virus, che però non può essere sequenziato. Bisogna passare quindi al Dna complementare, con un processo di retrotrascrizione, che va amplificato".  "Il genoma del Sars-CoV-2 - ha spiegato Roberta Spaccapelo, associato di Microbiologia all'Università degli Studi di Perugia e che guida il gruppo di lavoro impegnato nel sequenziamento - non è grandissimo ed è formato da circa 30 mila paia di basi che però non possono essere sequenziate direttamente.

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Abbiamo quindi la necessità di amplificarlo in tanti piccoli frammenti, 98, per migliaia di volte. Prepariamo 'la libreria' e sequenziamo tutti i 98 frammenti. Il risultato viene automaticamente caricato su una piattaforma online nella quale un software permette di riallineare tutti i frammenti, di ricreare la sequenza completa del genoma. Possiamo quindi ricercare eventuali mutazioni".  Mencacci e Spaccapelo hanno sottolineato il supporto dato al laboratorio dalla Regione, dall'Azienda ospedaliera e dall'Università di Perugia.  La direttrice della Microbiologia ha evidenziato anche come il sequenziamento permetta di tenere sotto controllo la situazione del virus sul territorio. "Vengono selezionati - ha detto - i casi clinici più gravi, le reinfezioni a breve, quelle che si verificano quando in seguito alla terza dose di vaccino ci si aspetterebbe il massimo dell'immunità o in presenza di cluster".

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