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Sequenze genetiche scoperte nel mercato cinese indicano l'origine animale del Covid

Infettivologia Redazione DottNet | 17/03/2023 16:40

Diversi ricercatori hanno presentato le loro scoperte martedì al Gruppo consultivo scientifico per le origini dei nuovi agenti patogeni (SAGO), un gruppo di esperti convocato lo scorso anno dall'Organizzazione mondiale della sanità

Un investigatore scientifico in Francia ha identificato dati genetici precedentemente non divulgati provenienti da un mercato alimentare a Wuhan, in Cina, che secondo lei e colleghi supportano la teoria secondo cui gli animali infetti da coronavirus hanno innescato la pandemia di COVID-19. Diversi ricercatori hanno presentato le loro scoperte martedì al Gruppo consultivo scientifico per le origini dei nuovi agenti patogeni (SAGO), un gruppo di esperti convocato lo scorso anno dall'Organizzazione mondiale della sanità (OMS).

"I dati indicano ancora di più un'origine di mercato", afferma Kristian Andersen, un biologo evoluzionista presso Scripps Research che ha partecipato alla riunione ed è uno degli scienziati che analizza i nuovi dati. In tal caso, i risultati indeboliscono l'opinione di una minoranza vocale secondo cui un laboratorio di virologia a Wuhan era la probabile origine della SARS-CoV-2, forse quando il coronavirus ha infettato un operatore di laboratorio che lo ha diffuso ulteriormente.

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Florence Débarre, una teorica specializzata in biologia evolutiva e che lavora al CNRS, l'agenzia di ricerca nazionale francese, ha portato alla luce i dati, che consistono in sequenze genetiche inserite in GISAID, un database di virologia, da ricercatori cinesi. Il team cinese aveva raccolto campioni ambientali dal mercato all'ingrosso di frutti di mare di Huanan, che era collegato a un gruppo di primi casi di COVID-19 e nonostante il suo nome vendeva anche una varietà di mammiferi per il cibo. Poiché Débarre ha individuato le sequenze, GISAID le ha rimosse, osservando che ciò era su richiesta del mittente.

Dato che il mistero dell'origine di SARS-CoV-2 è stato oggetto di intenso interesse globale e dibattito divisivo, la scoperta dei dati e la successiva scomparsa solleveranno certamente interrogativi sul perché il team cinese, che comprende l'ex capo del Centro cinese per le malattie Control and Prevention (China CDC), George Gao, non ha reso pubbliche le sequenze prima. Contattato da Science , Gao ha affermato che le sequenze non sono “[n] niente di nuovo. Si sapeva che c'era un commercio illegale di animali ed è per questo che il mercato è stato immediatamente chiuso".

Ma Andersen ei suoi colleghi sperano che il team di Gao ora renda le sequenze ampiamente disponibili. "Abbiamo esortato China CDC e i nostri colleghi a rilasciare questi dati il ​​prima possibile", afferma. Il team di Gao ha utilizzato i tamponi per raccogliere campioni ambientali da molte delle bancarelle del mercato di Huanan tra il 1° gennaio 2020, giorno in cui è stato chiuso, e il 2 marzo 2020. Il gruppo ha riferito lo scorso anno che alcuni dei campioni risultati positivi alla SARS- Anche il CoV-2 aveva materiale genetico umano, ma nessun DNA di altri animali. Il team ha concluso in una prestampa pubblicata su Research Square il 25 febbraio 2022 che questo "suggerisce fortemente" che gli esseri umani abbiano introdotto il virus sul mercato; Gao e i suoi coautori hanno affermato che ciò significa che il mercato non è stato l'origine della pandemia, ma ha semplicemente amplificato la diffusione precoce della SARS-CoV-2.

Per alcuni ricercatori e funzionari cinesi, quello scenario suggeriva che il virus avesse avuto origine fuori dalla Cina e in qualche modo fosse arrivato a Wuhan. Per i sostenitori delle perdite di laboratorio, implicava che la pandemia potesse essere iniziata nel laboratorio di Wuhan. Edward Holmes ha visitato il mercato all'ingrosso di frutti di mare di Huanan nel 2014 e ha scattato questa foto di un cane procione in vendita. Nuove prove che ha aiutato ad analizzare suggeriscono che la posizione aveva sia SARS-CoV-2 che questa specie suscettibile.

Lo studio non è stato ancora pubblicato su una rivista peer-reviewed e Science ha riferito per la prima volta l'anno scorso che alcuni scienziati si sono chiesti perché un grafico nella prestampa sembrasse mostrare sequenze di animali nei campioni di ambiente positivi al virus del mercato, ma non hanno offerto dati della loro identità. L'analisi presentata al panel dell'OMS questa settimana ora suggerisce che alcuni campioni positivi al coronavirus raccolti contenevano DNA o RNA di cani procioni, zibetti e altri mammiferi ora noti per essere altamente sensibili alla SARS-CoV-2.

Débarre afferma che il 4 marzo si è "casualmente" imbattuta nei dati di sequenza precedentemente sconosciuti mentre svolgeva altre ricerche su GISAID. Le ci sono voluti 5 giorni per riconoscere l'entità dei dati disponibili e la loro potenziale importanza.

Débarre ha rapidamente contattato Andersen e altri coautori di due preprint pubblicati nel febbraio 2022 che supportavano la teoria dell'origine del mercato, documenti che secondo lei l'hanno aiutata a spostarla dall'origine della fuga di laboratorio a pensare che il virus provenisse probabilmente dagli animali del pesce di Huanan mercato. Michael Worobey, un biologo evoluzionista dell'Università dell'Arizona che è stato uno degli autori principali di uno degli articoli, afferma che lui e i suoi collaboratori stanno ancora analizzando le nuove informazioni genetiche, ma finora ha consolidato la sua visione che SARS-CoV-2 aveva origine zoonotica. (Le due preprint di cui è coautore sono state successivamente pubblicate da Science .)

"Flo e io abbiamo percorso la stessa strada per essere molto aperti alle idee di fuga di laboratorio, ma diventando sempre più convinti man mano che arrivano sempre più prove che non è così che è successo, e che è successo al mercato di Huanan tramite il commercio di animali selvatici”, dice Worobey a Science Insider. Worobey ha anche partecipato all'incontro SAGO con Andersen e il virologo Edward Holmes dell'Università di Sydney, che ha scattato una foto di un cane procione in vendita nel mercato di Huanan nel 2014 la loro vendita per 2 anni prima della pandemia.) "Speriamo di poter parlare di più delle nostre analisi molto presto una volta che saranno completamente concluse", afferma Worobey.

I ricercatori cinesi nel febbraio 2022 hanno pubblicato una prestampa che presentava questo grafico per mostrare che diversi campioni ambientali dal mercato contenenti SARS-CoV-2 avevano anche materiale genetico umano, ma non offrivano dati sui campioni virali mescolati con altre specie animali. Il gruppo afferma di aver contattato Gao e colleghi per collaborare all'analisi delle sequenze di mercato scoperte e, subito dopo, i dati sono scomparsi da GISAID. Quando Science ha chiesto a Gao perché GISAID abbia rimosso i dati della sequenza, non ha risposto, ma ha indicato che i dati non hanno risolto la questione dell'origine della SARS-CoV-2, che ha affermato essere "ancora scientifica e aperta".

Il preprint del team ha recentemente avuto il suo status su Research Square, che è collegato alla famiglia di riviste Nature , cambiando da "pubblicato" a "in corso di revisione". Le  riviste spesso richiedono il deposito dei dati prima della pubblicazione, quindi una pubblicazione imminente potrebbe aver originariamente spinto il team di Gao a inviare i dati a GISAID. ébarre e colleghi hanno in programma di pubblicare un rapporto delle loro scoperte una volta completata l'analisi, ma sperano che i ricercatori cinesi rivedano la loro prestampa per includere i dati della sequenza completa dal mercato di Huanan e ripubblicarli prima. "Come scienziati, possiamo lavorare insieme su questo", dice Andersen.

Andersen aggiunge che non si aspetta che i nuovi dati convincano tutti che il virus ha avuto origine sul mercato. Sospetta che alcune persone possano interpretare le nuove informazioni nel senso semplicemente che gli esseri umani infetti da SARS-CoV-2 hanno trasmesso il virus agli animali al mercato. Joel Wertheim, un biologo evoluzionista dell'Università della California, San Diego, che sta collaborando con Andersen e altri nelle analisi delle sequenze appena scoperte, afferma che alcuni critici dell'ipotesi di spillover vogliono prove più conclusive di quelle che la scienza può eventualmente fornire. "Non è possibile osservare la trasmissione zoonotica di un nuovo virus dagli animali all'uomo", afferma Wertheim. "Non otterremo mai quel livello di dati."

fonte: Science


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