Le farmacie aperte al pubblico alimentano la Banca dati attraverso il Sistema Tessera Sanitaria, che trasmette con frequenza giornaliera codice AIC, identificativo univoco della confezione, identificativo della farmacia e data e ora della dispensazione. Le ASL contribuiscono attraverso i flussi informativi già esistenti per la distribuzione diretta, per conto e per i consumi ospedalieri, aggiornati per includere l'identificativo univoco Data Matrix.

Il decreto disciplina il periodo di sovrapposizione tra il sistema del bollino farmaceutico, destinato a permanere per i medicinali senza obbligo di prescrizione e per le categorie escluse dall'ambito europeo, e il nuovo identificativo univoco Data Matrix, obbligatorio per i medicinali soggetti a prescrizione a partire dal 9 febbraio 2027. Durante il periodo di stabilizzazione, l'identificazione univoca delle confezioni è assicurata sia dal bollino che dal Data Matrix, con la possibilità per i produttori di continuare a immettere in commercio lotti con bollino fino alla relativa data di scadenza senza necessità di riconfezionamento.

Il decreto definisce con precisione i livelli di accesso alla Banca dati:  il Ministero della Salute ne è titolare per le funzioni istituzionali di vigilanza e sorveglianza mentre Regioni, Province autonome e ASL accedono ai dati del proprio territorio. L'AIFA dispone di accesso completo per il monitoraggio della spesa farmaceutica, il calcolo del ripiano dei tetti e le attività di farmacovigilanza, con la facoltà di richiedere ai soggetti della filiera rettifiche e integrazioni dei dati trasmessi. Le aziende farmaceutiche possono accedere ai dati relativi alle forniture a carico del SSN per i medicinali di cui sono titolari di AIC. Infine, gli organi di pubblica sicurezza come la Guardia di Finanza, sono autorizzati all'utilizzo della Banca dati per le attività di prevenzione e repressione delle attività illegali a danno della salute pubblica e dell'erario.

Le trasmissioni avvengono in formato XML con firma digitale qualificata, entro 24 ore dalla spedizione delle confezioni. I dati già trasmessi possono essere rettificati entro due mesi successivi al periodo di riferimento; eventuali ritardi o omissioni comportano l'applicazione delle sanzioni previste dalla normativa vigente. Un centro di assistenza tecnica istituito presso il Ministero della Salute supporterà i soggetti della filiera nelle attività di adeguamento e nella gestione delle anomalie.