Lo stesso vale per i fattori protettivi che possono prevenire la pancreatite, anche a fronte di un abuso eccessivo di alcol. Diverse mutazioni geniche e polimorfismi sembrano determinare la suscettibilità di un individuo a sviluppare una malattia del pancreas, nella determinazione della gravità della malattia e sua progressione. Il range associato allo spettro genotipo/fenotipo va da semplici tratti somatici dominanti con penetranza quasi completa, come per le mutazioni più comuni del gene tripsinogeno cationico (PRSS1), ai fattori moderati di rischio senza i modelli di eredità mendeliana,  come per le mutazioni SPINK1e CFTR,alle associazioni di rischio molto sottile e modificatori della malattia che può essere identificata solo negli studi di coorte di grandi dimensioni, come per la chimotripsina C, per il recettore sensibile al calcio e le mutazione della tripsina anionica (PRSS2).